《沙尔利周刊》的讽刺漫画无所不包，总统奥朗德、前总统萨科齐都曾是他们的讽刺对象，但《沙尔利周刊》引发争议最多的，还是其讽刺穆斯林的漫画。在此次恐怖袭击之前，《沙尔利周刊》已因为讽刺穆斯林而遭遇网站被黑、燃烧弹袭击等。
影响
曾致法国驻20国使领馆关闭
在2006年和2011年，《沙尔利周刊》曾多次刊登讽刺穆罕默德的漫画，引发了巴黎大清真寺和法国伊斯兰组织联盟的抗议。2011年11月，该周刊刊登了一幅取笑伊斯兰法典的漫画，封面上写着“客座编辑穆罕默德”。第二天，位于巴黎的办公室就遭到了燃烧弹袭击，网站被黑，员工受到死亡威胁。不过这并没有让他们“退步”。《沙尔利周刊》很快就出版了新的杂志，头版是一个大胡子的穆斯林和一个男子接吻，男子穿着黑色T恤，上面写着“沙尔利周刊”，标题叫作《爱强于恨》。
2012年，《沙尔利周刊》又引发了轩然大波。当年因为一部涉嫌亵渎伊斯兰教先知穆罕默德的电影在美国上映，全球众多穆斯林国家掀起了抗议浪潮。然而就在大家神经都极度紧张的时刻，9月19日，他们在头版和内页刊登了影射伊斯兰教先知穆罕默德的讽刺漫画，当天上午刊物就被抢售一空，大卖7.5万份。这一刊物却导致法国政府不得不在21日暂时关闭了20国的使领馆以防不测。
争议
为言论自由还是为销量炒作？
法国媒体有讽刺时政的传统，著名的《鸭鸣报》也因经常将政治人物作为调侃对象多次被告上法庭。不过《沙尔利周刊》的做法更为大胆。2012年9月19日的刊物出版当天，媒体纷纷向法国人提出这样一个问题：你是否认同《沙尔利周刊》的做法？
支持的人说，法国是一个言论自由的国家，在言论自由上不能打折扣。
但法国外交部长法比尤斯则表示，其做法好比火上浇油。法比尤斯强调言论自由至关重要，但如果被看成是故意挑衅，那就缺乏责任感了。
时任法国总理埃罗则认为，什么事情过火就欠妥。他说，法国是一个言论自由的国家，幽默也有它的自由空间，“如果有人感到他们的信仰受到了侵害，认为有超越法律界限的行为，可以诉诸法院裁决。”
《沙尔利周刊》的做法，不乏被批评是为增加销量，杂志刊登涉及宗教题材的讽刺漫画常会热卖。
在德国，讽刺杂志《泰坦尼克号》也是常常因为讽刺过头而官司缠身，被诉上法庭。
2012年的7月号，该杂志刊登了讽刺教皇本笃十六世的内容，杂志的发行量因此增长了70%。该杂志的做法引起许多天主教徒强烈的不满。教皇本笃十六世也感到他的私人权利遭到损害，把这份杂志告上了法庭。
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