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如阿里健康对接医院处方的计划也并非一帆风顺。据了解，阿里健康原计划打算直接联通医院信息系统，医生开药后直接将处方上传到阿里健康，再让零售药店来抢单。2014年5月，马云亲自与河北省相关负责人洽谈，但最终效果并不理想，只换来河北省卫生计生委下属处室建议医院配合的文件。
"事实上，在医药不分开的前提下，处方药方是很难流出医院的。很多医院为防止处方外流还采取了一系列的措施，如电子病历不经过患者，直接存储医院电脑生成。"上述业内人士向21世纪经济报道记者表示。
医院攻关不顺，阿里只得另找出路。 据21世纪经济报道从阿里健康相关负责人处了解到，近期阿里健康与北京军区总医院已经建立了合作，阿里健康的电子处方平台已经在北京军区总医院试点，先锁定慢性病中的高血压和高血脂两个病种，主要针对自费患者，暂时绕开医保的复杂问题。
在史立臣看来，如果失去了医保这一环，医药电商不可能放量。上述上市药企董事长向21世纪经济报道记者直言，在这场市场盛宴中，医院是一座无法绕过的堡垒。
医药电商发展还需要解决"最后一公里"即药品配送的问题。2013年，国家食品药品监督管理总局出台了《关于加强互联网药品销售管理的通知》规定：连锁企业通过互联网销售药品时，应当使用本企业的药品配送系统自行配送。
但一年多时间过去了，受成本太高及自身配送能力限制等影响，医药电商能真正做到自行配送的并不多。
如此前北京同仁堂广州药业连锁有限公司也开通了同仁堂全国首个网上药店，但由于受到"自行配送"规定的约束，只能在其网页上注明："本商城药品的配送范围仅为广州市内9家实体店方圆约2公里内。"
另外，金象网上药店也推出过"金象一小时"，即在北京城区，工作日每天上午9点到下午5点前成功下单均可在当天1小时内送达，可配送的产品为100种。但这种自行配送模式还是以失败告终。
而第三方物流进行药品配送需要取得相关牌照。因为药品作为特殊的产品，对物流条件要求相对较高，整个仓储、运输、配送等物流领域都必须在符合国家《药品经营质量管理规范》（GSP）的标准下进行。而普通快递公司根本达不到配送要求，目前绝大部分物流企业不具有配送药品的资质。
据了解，圆通、顺丰在内的多家速运公司都曾向监管部门咨询过相关药品配送资质认证事宜，但因为涉及不同区域监管部门认证等问题，目前申请仍在搁置中。
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