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除了疫苗配送以外，另外一个交给第三方的是对第二类疫苗的筛选。根据孙晓冬介绍，上海每年会组织专家委员会对新上市疫苗进行筛选，根据上海传染病疫情情况和社会公众的需求，来评价疫苗是否适合于上海市场。这个专家委员会隶属上海预防医学会，每年随机抽取专家参与筛选。
这种专家委员会的把关，在孙晓冬看来正是发挥地方优势之处。
2015年江苏、河北等地婴儿服用意大利进口药物“兰菌净”后出现不良反应，而后被确诊为川崎病，而此药物却被纳入某些地方疫苗体系长达八年时间。
“‘兰菌净’的生产企业和它的代理企业，曾先后两三次到上海递送资料，最终都被我们专家委员会否决，因为其提供的资料不全，没有疫苗的批签发合格证，说明根本不是疫苗。”孙晓冬说。
由专家委员会确定疫苗品种后，各区县自己也要经过一定的筛选，然后向市疾控中心汇总需求，再去上游企业进行采购，这便是上海在第二类疫苗上的集中采购模式。
疫苗流通管理体系
按照《条例》，与第一类疫苗由疾控机构直接进行疫苗的分发组织工作不同，此次涉案的第二类疫苗，除了疾控中心分发以外，可由疫苗生产企业和批发企业直接向接种单位销售疫苗。
而上海的第二类疫苗的分发渠道也没有使疫苗生产企业和批发企业直接面向接种单位，而是仍由疾控中心“统购统销”。
一位卫生防疫业内人士在接受21世纪经济报道记者采访时表示，允许接种单位可自由购买第二类疫苗的方式存在一定的风险，因而也有专家提出要修改《条例》，认为第二类疫苗“统购统销”更好。
另有业内人士也指出，多地分散购买也是为了适应市场经济，上海的管理模式虽然和市场经济“有点违背”，但至少大家现在也能认可。
但即使是在采取“统购统销”的上海，第二类疫苗的流通管理上也增加了“区县疾控中心”这一环节。孙晓冬解释，如果去掉这个环节，则意味着接种点随时随地提出要求，企业就要进行配送，从 16个区县，到分布在全市的250多个社区卫生服务中心接种点、29个犬伤门诊、几十家产房，成本急增，“所以需要区县分担一部分。”
根据上海疾控中心提供的数据，上海第一类疫苗每年需求600万支左右，运输成本约0.5元/支，总额300万元左右；第二类疫苗每年需求300万支左右，但单只运输成本较第一类疫苗而言更高，上海市疾控系统此前将对第二类疫苗收取的限额差价部分全部用于物流配送，基本维持收支平衡。
从今年3月5日开始，上海市、区两级疾控中心针对疫苗的限额差价已经全部取消，这在全国也是最早实施的省市。但接种点的药品加成可允许在10%以内。
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